J'aurais tendance à penser que ton schéma initial (OS sur le petit, samples sur un autre et enregistrement sur un dernier) est bon, en tout cas bien meilleur que de tout mettre sur un seul gros disque.
Pour ce qui est du passage au SATA pour l'OS, un disque dur de 80go SATA vaut à peine plus de 30 euros, et comme le dit sokaaar il sera bien mieux que ton IDE.