Ce genre de risque tu le prends dès que tu ne prévois pas de sauvegarde !
Ce qui est ton cas. Ce qui est perdu, l'est déjà.
Ce n'est pas chkdsk, l'utilitaire de correction des données du disque de microsoft qui va aggraver quoi que se soit, ça te permettra juste de savoir où tu en es. Parce que pour l'instant, c'est la politique de l'autruche en fait, sans vouloir être péjoratif. Si ton disque gratte, il y a de fortes chances qu'il ne puisse déjà plus accéder à certains emplacements physiques du disque. Chkdsk va lister tous les emplacements défectueux.
Si c'est ton disque système, il faut outrepasser les protections de microsoft qui refuse ce genre de pratique (copie d'un disque à l'autre). C'est proprement scandaleux, mais c'est comme ça ! On ne peut pas continuer d'utiliser un disque qui commence à être défectueux, c'est du suicide Donc réinstall ou passage par un soft tiers (je n'en connais pas à part ghost ou des trucs comme ça) !