Chuis pas nul !
Comme tu l'as dis, la solution n'est pas d'avoir plusieurs dossiers comprenant des fichiers nommés de la même manière, les liens ne se mettront pas à jour automatiquement (du moins, s'il y a une manip' qui le permette, je ne la connais pas...).
Par contre, l'utilisation du XML pourrait t'aider, mais ça demande un gros travail de préparation en amont. En gros, il te faut préalablement réorganiser tous tes fichiers, et au contraire de ce que tu as déjà, les nommer individuellement selon un ordre précis, pour ensuite présenter toutes ces infos sous forme de tableur...
Je pourrais t'en dire plus si tu choisis cette solution, mais dans ta position, je me demande s'il n'est pas préférable de rééditer les liens de chaque pages à la main (ce ne sera peut-être pas plus long).