bon après reflexion et après essai je dirais :
soit c'est un bug, soit, c'est toi qu'a fait une couillonade quelque part à un moment donné.
Je viens de refaire ce que tu as expliqué, un calque avec des effets (un rond rempli de rouge par exemple) , j'y ai appliqué un masque de fusion, puis un dégradé sur ce masque....et les effets sont tjrs visibles...
donc je ne vois pas quoi te dire, réessaies ta manip du début à la fin....regarde aussi si l'oeil (visibilité du calque est coché à côté des effets...on sait jamais)
enfin voila...