le fond transparent n'est valable que pour le web (et encore apparamant pas avec tout les navigateurs
pour avoir des fonds transparent dans in design et illustrator en provenance de toshop (et donc image ready, je suppose) il faut faire un trace du contour et enregistrer en EPS mais je ne me souvient plus exactement comment faire (desole ), je ne serais pas etonne que ce soit la meme chose pour after effect cherche dans la doc (si ce n'est deja fait)
bon courage et up pour une bonne question