Ca dépend de ce que tu veux faire.
Si tu penses t'arrêter au bout de 3 ans, donc avoir un niveau licence, je te conseille plutôt de faire un BTS ou un DUT suivi d'une licence pro pour te spécialiser dans quelque chose. Ca te fait un Bac+3 qui inclus des stages, donc un peu d'expérience et t'as une Licence, c'est important aujourd'hui avec la réforme européenne LMD.
Si tu veux aller jusqu'au Bac+5, tu peux passer par la fac pour aller jusqu'au Master. Tu peux aussi intégrer une école d'ingénieur après ton DUT (ou BTS) si tu es dans les meilleurs et avoir un diplôme d'ingénieur Bac+5 (grade de Master).
Perso, je pencherais pour le DUT GMP, qui est un bon DUT. Tu auras pas mal de solutions à la fin, t'arrêter, faire un licence ou une école d'ingénieurs.
La fac je connais pas trop, et j'en ai jamais eu de bonnes impressions.