Je te conseille Tenderloin
Le quartier a une mauvaise réputation. Avantage: moins de monde (SF est très couru en été). De fait, on y voit plus de SDF qu'ailleurs mais il n'y a aucun danger; et ça reste proche de tout, tu peux faire tout le centre à pied.
J'ai passé une semaine dans une auberge de jeunesse. Tu trouveras les adresses dans les guides habituels (je crois me souvenir que Lonely Planet est le mieux)
Sinon: Mission et Haight Street mais c'est un peu plus loin. Les quartiers que tu cites sont à éviter: trop de touristes, blindé en été.
Mais deux jours pour une ville aussi géniale, c'est du gâchis, il faudrait au minimum une semaine.