Oui, quand tu visualises une vidéo sur ce genre de site, tu la télécharges sur ton PC. Ensuite, Flash lit la vidéo et affiche le rendu dans le navigateur.
Seulement, pour qu'un fichier infecte ton PC ou exécute des instructions malveillantes, il faut que celui-ci soit actif : que ce soit un exécutable (.exe, .com) ou un langage de script (.bat, .vbs)...
Il faut donc qu'il s'agisse d'un programme, et que celui-ci soit lancé c'est à dire exécuté.
Or, une vidéo n'est en aucun cas un programme, et Flash ne fait que la lire. Il n'y a donc aucun risque.
Enfin, tu peux être sur qu'aucun programme ne peut être envoyé sur ces sites avec une fausse extension, en général, les vérifications faites par Youtube ou Dailymotion sont largement suffisantes