Attention, NAT-PT est déprécié et remplacé par NAT64 qui marche plus ou moins pareil mais mieux.
Autrement, pour faire "interagir" v4 avec v6, tu peux utiliser des gateway applicatives. C'est, du coup, limité a un type de protocole, mais c'est plus propre. Par exemple, pour http, tu mets un serveur apache en mode proxy avec une interface en v4 et une en v6. Il se chargera de traduire l'un en l'autre