Regarde les groupes desquels fait partie cet utilisateur. Crée un utilisateur bidon, mets le dans les mêmes groupes, et teste le coup de la suppression de fichier aussi.
Si le prob se présente aussi, c'est sûrement un problème de GPO, à toi d'isoler le groupe/le script responsable.
En revanche si le prob se présente pas, essaye de connecter ton utilisateur problématique sur une autre station du domaine voir si le problème se présente toujours.