bon je crois avoir réussi : le problème venait de l'installation de windows 2000 qui lorsque l'on crée une nouvelle partition NTFS sur un HDD vierge, ne la mets pas en partition principale active, mais juste comme partition système.
Donc j'ai utilisé le fdisk lambda, foutu ma partition en active et fait une mise à niveau pour récupérer mon NTLDR manquant puisque les lettres ont été réaffectées.
A priori win2000 marche sans problèmes, par contre je dois encore réessayer l'installation de linux