systemes de fichiers ntfs fat 32

pour linux en fait c vraiment le merdier...j'ai voulu passer de mandrake 10 à mandriva le 2005 en passant par un serveur ftp et en utilisant urpmi...et en upgradant le kernel ensuite
j'ai perdu le boot...et c un sacré merdier maintenant...vu que j'ai acheté un nouveau disque dur de 160 Go je pense que je vais installer linux comme neuf avec un backup de ma partition home dessus...
sinon fat32 pour le back up ca me semble bien...peut on formater en fat 32 un disque externe depuis windows xp, creer des partitions, etc?

bonjour
j'ai un pc avec deux disques durs de 20Go
j'ai un disque sous windows xp et un sous linux  
en voulant upgrader mon linux j'ai mis le souc et j'ai n'ai plus de boot linux
j'ai acheté deux disques durs : un disque dur externe pour sauvegarder toutes mes données et un disque sata pour reinstaller linux proprement dessus.
actuellement j'ai du ntfs sous mon windows xp et du ext2 sous mon linux
ntfs n'est pas supporté en ecriture par linux
voila pour la situation
mes questions sont la suivante :
 
comment sauvegarder mes données windows et linux sur le disque dur externe?
quel systeme de fichier adopter pour ce disque dur externe?
je pensais a fat32 qui peut etre ecrit/lu sous linux
seulement est il possible d'avoir ce disque externe en fat32 alors que mon disque windows systeme est en ntfs??
si oui comment?
je vous accorde que c'est un sacré merdier que tout ca...lol
merci de votre aide