Ca veut dire que ton soft s'installe en tant que service windows (panneau de config, outils d'admin, services pour voir tout ceux qui tournent sur ta machine).
La plupart des services fonctionne tres bien avec un compte dit "systeme", mais certains ont besoin d'utiliser un compte ayant les droits d'admin et le droit de s'executer en tant que service (onglet connexion quand tu double-clic sur un des service de la liste, et le tu peux choisir quel compte utiliser).
Ca ne change absolument rien a la facon dont tu te connectes (meme avec un compte ayant le droit de se connecter en tant que service), ca veut juste dire que le service en question utilise tel ou tel compte pour fonctionner en arriere plan.