Effectivement la procédure la plus propre est la suivante :
1) Verifier que tu peux booter sur le CD d'installation de 2000 directement (éventuellement régler dans le BIOS), si c'est un CD original ca devrait être une formalité.
2) Verifier que tu as les drivers de tes controlleurs de disque durs et préparer le cas échéant les disquettes (controlleurs ATA 66 / 100, SCSI, RAID, ...)
3) Virer ta partition 98 avec FDISK (intuile d'en créer une autre ou de formater, sauf si tu veux du FAT32)
4) Booter sur le CD de 2000
5) Quand il te le demande ajouter les controlleurs HD (touche F6)
6) Choisir la partition d'install (il va te la créer et formater en NTFS)
7) Continuer le setup