Il est plus que conseillé d'avoir une partition pour Win98 et une autre pour Win2k. La partition de boot doit être en FAT32 pour que les deux systèmes y accèdent.
Sous Win2k tu crées une disquette de réparation d'urgence (Programmes / Accessoires / Outils Système / Backup), tu installes Win98 puis une fois l'installation finie tu ne pourras plus booter sur Win2k. A ce moment la tu bootes sur le cd d'installation de Win2k tu choisis de procéder a une réparation et il te demandera la disquette de réparation.