Rien a voir, tu peux booter avec un périphérique qu'il soit master ou slave.
C'est juste que sur une chaîne IDE, tu peux mettre deux périphériques, dont un doit être master et l'autre slave.
Si le système ne se lance pas, ca doit être tout simplement parce qu'on ne peut pas booter Windows comme ca en changeant un disque dur de pc (vous n'avez probablement pas le même modèle de carte mère, chipset, etc).