Essaye de passer un coup d'utilitaire de vérification fourni par le constructeur de ton disque dur pour voir si tout va bien!
J'ai eu le même problème que toi, chkdsk ne repèrait rien de mal mais continuait à se lancer à chaque démarrage, et d'après l'outil de Seagate j'avais des secteurs défectueux --> SAV --> échange...
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J'aime pas Apple...