Bon finalement, j'ai reussi a faire ce que je voulais, mais c'est pas du tout propre !
J'utilise un vieux windows 98 installer sur la partition C:, pour booter en mode DOS. J'ai modifier le fichier msdos.sys (en changeant BootGUI=0) ce qui permet de ne pas charger l'interface graphique.
Ensuite, j'apelle mes fichier batch depuis l'autoexec.bat, je fais toute ma procedure de test et lance
ghost -clone "options...." , les images .gho se trouvant sur cette meme partition C: .
Aucun probleme avec le multiboot, XP 2003 server, win98 , boot.ini fait le boulot.
Maintenant je peux ghoster toute mes partition sans avoir a inserer le moindre cd,a la vitesse de la lumiere