Si le serveur est bien configuré, pas directement (c'est à dire que les autres sites ne peuvent pas être "infectés" ). Toutefois sur un serveur mutualisé, on partage aussi les ressources système (le CPU, la mémoire, la bande passante), et le fait que ton site soit infecté peut entrainer une surconsommation de ces ressources, et donc baisser la qualité de service pour les autres clients.
Dans tous les cas, effectivement mettre hors ligne (et non pas supprimer ce qui est assez cavalier) le site le temps de le nettoyer est une pratique courante. Beaucoup de clients ne font rien du tout suite à un simple avertissement.
