1 - Quand cette question est posée en ces termes, il n'y a pas de différences. Tu n'as probablement pas actuellement les compétences pour installer et configurer un NAS quel que soit l'OS que tu choisisses et/ou pirate.
2 - On peut faire du déploiement sans carte graphique, mais cela nécessite un peu de matériel et de compétences (pxe ou unattended install).
3 - Dépend si tu veux faire du RAID matériel, assisté par chipset ou logiciel.
Je ne voudrais pas te décourager, mais tu te lances dans un truc que tu ne maitrises pas, avec le syndrome "je vais assembler plein de trucs puissants, installer un OS puissant, et hopla ca doit pas être si compliqué".
Pose un budget (OS compris), le matériel que tu comptes assembler, la liste de fonctionnalités que tu veux, et tu pourras te faire orienter vers un OS et éventuellement les logiciels adéquats pour faire ce que tu veux.