Hijackthis ne nettoie pas, il génère juste un fichier log et éventuellement peut te jarter des clefs de registres si tu lui dis de les "fixer" (je te conseille de pas trop bricoler avec hijackthis si tu ne sais pas ce que tu fais par contre).
Pour ton keylogger : tu désactives ta restauration système, tu bootes en mode sans echec, tu scannes ton dur, tu jartes le vilain (avec l'AV ou à la main si ton AV est en mousse).
Evidemment si le fichier est en cours d'utilisation c'est surement pour ça que ton AV n'arrive pas à le supprimer, d'où l'intérêt de rebooter en mode sans echec ! Et si tu ne désactives pas la restauration système avant la manip, au redémarrage de win tu te le recupères à nouveau... logique.
Sinon, si le mode sans echec, tu me dis que ça marche pas (... je ne vais pas te contredire plus hein...), si tu sais où est le fichier à supprimer, tu bootes sur une disquette dos et tu vas le supprimer à la mano sous dos...
Mais en mode sans echec, ça doit fonctionner je t'assure 
Re-essaie voir un coup, et dis nous si tu y arrives, sinon on avisera sur le coup... mais ça me parait bizarre ton truc si ça ne marche pas...
