Vu tous les produits que tu as déja testé, le problème doit venir de la source : le scan peut être mal fait (contraste, qualité du scan), ou le document d'origine peu propice à l'OCR (ca arrive).
J'ai déja traité plusieurs fois ce genre de problématiques, et j'ai rarement eu a blamer le soft. De la retouche photo en masse sur les scans d'origine a souvent résolu le souci.
La 2ème problématique vient de la mise en page, et pareil si tu ne veux pas tout te taper à la main, il vaut mieux savoir scripter pas mal.