C'est assez con effectivement.
Nero trie obligatoirement, et je suppose que c'est également le cas de tous les autres softs de gravurage.
mkisofs (un outil libre de création d'image ISO) te permet de spécifier un fichier de tri, contenant la liste de tes fichiers assortis d'un numéro.
Mais malheureusement le tri concerne l'emplacement du fichier sur le CD, pas dans la table des matières.