Je vois bien un truc pour savoir ce qui cloche, mais c'est peut-être un peu compliqué :
GKnot contrôle VDub en créant un fichier de script. Je ne sais pas trop où et quand il le crée, mais il en fait un, c'est sûr.
Il faudrait que tu essaie de récupérer ce fichier, pour le comparer avec celui que tu pourrais créer toi-même. Pour faire un tel fichier, tu fais comme d'habitude, et au moment de faire 'save avi', tu coche la case pour ajouter ce job à la queue. Ensuite tu fais F4 pour avoir le job manager, et tu fais save script...
Après en comparant le script de GKnot et le tien, tu verras peut-être où il y a un problème...