Quand tu multiplexe avec VirtualDub, vas dans le menu Vidéo > Framerate et coche la case "Faire correspondre la durée du film et de la bande son".
Si c'est toujours pas bon, vérifie l'échantillonage de ta bande son et modifie le en 44Khz s'il est en 48 Khz.
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M@NZiNG