Pour des problemes de desynchro audio essaye d'encoder le son en mp2 48000 Hz et non en 44100Hz.
Chez moi c'etait un peu pareil que ton pb, sauf que je n'avais pas de coupures, le decalage etait permanent lorsque le son etait en 44,1kHz et sans aucun pb en 48kHz.
Tous les DVD etant en 48khz et la plus part des Divx en 44,1 ceci peut expliquer cela