si ton disque dur arrive à suivre (niveau débit ET taille) en AVI non compressé, c'est mieux niveau qualité, mais sinon le mieux est le mjpeg. En mjpeg peu compressé, la différence n'est pas visible mais ça prend nettement moins de place.
Le défaut du mjpeg c'est qu'il y a une lègere perte de qualité à chaque modification des images, mais si c'est juste pour faire du découpage des séquences et pas pour modifier plein de fois les memes images, c'est parfait.