En fait dans MMG (mkvmerge GUI) tu dois sélectionner quel streams (audio, video, subs) tu veux conserver.
Le pb c'est que, vu le nom de ton fichier, tu as du RV9 en video et du HE-AAC en audio. Que des trucs que VDM (VirtualDubMod) ne sait pas gérer... Donc tu pourras pas en faire grand chose de ton fichier.
Il existe un éditeur video spécifique à Matroska qui te permet de découper tout ce que tu veux. Mais il ne permet pas d'afficher et de convertir la video...
Peut-être qu'un fois coupé, tu peux essayer de rééencoder ton truc avec Graphedit...