Je fais du montage avec Vegas et c'est comme ça que ça se passe, mais je suppose que c'est pareil avec les autres logiciels de montage.
En toute logique, mélanger des fichiers aux propriétés différentes fait partie des fonctions de base.
Essaye avec deux courts extraits collés dans le même montage, l'un en 1080, l'autre en 720, et teste les 2 réso dans les préférences (donc exporte deux fois), et regarde les propriétés des deux fichiers exportés pour voir leur résolution.