Je n'ai jamais eu ce problème, mais quand je fais une AVI avec MeGUI, je n'utilise pas le muxer intégré (qui fonctionne avec AVI-Mux GUI), je préfère faire le muxage avec VirtualDub/VirtualDubMod (donc sans utiliser les possibilités supplémentaires d'AVI-Mux GUI), car j'ai déjà eu des problèmes avec les AVI fabriquées par AVI-Mux GUI (impossibilité d'extraire la piste son MP3 avec VirtualDub par exemple).
Je n'ai jamais eu aucun problème avec une AVI confectionnée par VirtualDub.