Oui, AVIDEMUX ou XMedia Recode qui sont tous les deux open source.
Ceci dit par rapport il y a dix ans, cela devient rare d'être encore obligé de convertir une vidéo avec le matériel actuel.
Par exemple mon Chromecast sur mon TV qui n'accepte que le MP4, les serveurs PLEX et Universal Media Server transcodent à la volée les mkv, avi, ts et wmv avec fluidité.