L'encodeur (le codec en gros) est très certainement LAME (la dernière version 3.97 est la plus aboutie).
Ensuite, si tu cherches une application capable de piloter l'encodeur (l'interface), tout va dépendre de ce que tu recherches. J'aime beaucoup foobar2000 parce qu'il permet d'encoder avec de nombreux formats comme source, de reporter leur tags, de spécifier chemin et nom de sortie tout en appliquant un bataillon de filtres si nécessaire. Par contre, le soft peut dérouter certaines personnes.
dBpowerAmp est un logiciel simple d'utilisation.
J'aime pas mal aussi LameDrop, lorsque les fichiers sources sont au format .wav :
http://rarewares.org/mp3.html