Je crois que c'est un problème de caractère de retour à la ligne.
Sur DOS, le caractère de fin de ligne est \r\n alors que sur Unix, c'est \n. Il existe des convertisseurs.
Tu dois faire attention quand tu d/l ou u/l ton cgi sur le FTP : il faut choisir mode ASCII pour le transfert (qui transforme les \r\n en \n, d'où une taille différente).
J'espère que ça va t'aider
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Pipiru piru piru pipiru pi