Le php-mode que j'utilise, c'est pas celui qui est livré avec emacs, c'est un autre que j'ai du telecharger sur php.net. Dans les parties HTML, il colorize du html, dans les parties php, il colorize php. En revanche, je sais pas si il supporte CSS et JS, j'utilise pas tout ça.
En revanche, les couleurs par défaut sont mal choisis