Pour obtenir des en-tetes différents par page, il faut faire des sections. Dans ton cas, inserer une section pour chaque nouveau document concaténé, pour conserver les en-tetes et pieds de page qui vont bien.
Au niveau de la macro, je sais pas comment ca va réagir si un de tes documents Word contient déjà des sections. A priori, bien, mais faudrait vérifier ^^