C'est un bon début.
Si les tableaux ne sont pas triés, il faut effectivement comparer chaque case du premier tableau avec chaque case du second tableau, et donc faire deux boucles imbriquées.
La comparaison se ferait par if (ThisWorkbook.Sheets("Feuil1" ).Cells(x1, y1).Value = ThisWorkbook.Sheets("Feuil2" ).Cells(x2, y2).Value) Then ... (non testé)
Si les tableaux sont triés, le traitement sera plus rapide car on peut faire un "appareillage", c'est à dire qu'après chaque comparaison, on avance d'une case dans le tableau qui contient la plus petite des deux valeurs rencontrées lors de la comparaison.