Et un système de lockfile, ça pourrait pas résoudre ton problème. Genre quand un programme A utilise un fichier, il genere un verrou. Et si un programme B veut utiliser le même fichier, tant qu'il verra que le verrou est là, il attendra son tour.
Et je crois que la commande unix c'est lockfile nom de ton verrou mais par contre, faudra pas oublier d'enlever ce verrou (avec la commande rm) une fois que le fichier n'est plus utilisé.