find DOCUMENTS -type f |
awk -v dest_dir=FINAL '
   {
      levels = split($0, path, /\//);
      if (levels != 3) next;
      sdir = path[2];
      file = path[3];
      ext  = file;
      if (! sub(/^.*\./, "", ext)) next;
      ddir = dest_dir "/" toupper(ext) "/" sdir;
      dest_sdir[ddir]++;
      copy[$0] = sprintf("%s/%03d.%s", ddir, dest_sdir[ddir], ext);
   }
   END {
      print "\n# Création arborescence destination\n"
      for (ddir in dest_sdir)
         print "mkdir -p " ddir;
      print "\n# Copie des fichiers dans arborescence destination\n";
      for (file in copy)
         print "cp",file,copy[file];
   }
' > ./copy_files.sh
. ./copy_files.sh

DOCUMENTS:
1/  2/  3/
 
DOCUMENTS/1:
file10.jpg  file10.pdf  file11.jpg  file11.pdf  file12.tif
 
DOCUMENTS/2:
file20.tif  file21.jpg  file22.jpg
 
DOCUMENTS/3:
file10.jpg  file30.pdf

# Création arborescence destination
 
mkdir -p FINAL/JPG/1
mkdir -p FINAL/JPG/2
mkdir -p FINAL/JPG/3
mkdir -p FINAL/PDF/1
mkdir -p FINAL/PDF/3
mkdir -p FINAL/TIF/1
mkdir -p FINAL/TIF/2
 
# Copie des fichiers dans arborescence destination
 
cp DOCUMENTS/2/file21.jpg FINAL/JPG/2/001.jpg
cp DOCUMENTS/1/file11.jpg FINAL/JPG/1/002.jpg
cp DOCUMENTS/1/file10.jpg FINAL/JPG/1/001.jpg
cp DOCUMENTS/2/file22.jpg FINAL/JPG/2/002.jpg
cp DOCUMENTS/1/file11.pdf FINAL/PDF/1/002.pdf
cp DOCUMENTS/3/file30.pdf FINAL/PDF/3/001.pdf
cp DOCUMENTS/3/file10.jpg FINAL/JPG/3/001.jpg
cp DOCUMENTS/1/file10.pdf FINAL/PDF/1/001.pdf
cp DOCUMENTS/2/file20.tif FINAL/TIF/2/001.tif
cp DOCUMENTS/1/file12.tif FINAL/TIF/1/001.tif

# La liste des fichiers du répertoire DOCUMENTS (et de ses sous-répertoires)
# est traitée par la commande awk qui va générer un fichier contenant toutes
# commandes necessaires à la copie des fichiers.
 
find DOCUMENTS -type f |
awk -v dest_dir=FINAL '
 
   # Pour chaque fichier trouvé, les informations necessaires à la copie
   # sont mémorisées dans le tableau copy. Ce dernier comporte une entrée
   # par fichier (index = chemenin complet actuel du fichier) dont la valeur
   # est le chemin complet du fichier aprés copie.
   # On constitue aussi, la liste des répertoires finaux dans le tableau
   # dest_dir.
 
   {
      levels = split($0, path, /\//);            # Décomposition du chemin du fichier
      if (levels != 3) next;                     # Il doit  y avoir 3 niveaux (DOCUMENTS/sous-rep/fichier)
                                                 #   si ce n est pas le cas, on passe au fichier suivant.
      sdir = path[2];                            # Sous-répertoire du fichier
      file = path[3];                            # Nom du fichier
      ext  = file;                               # Extension du fichier = Nom du fichier, dans lequel on supprime
      if (! sub(/^.*\./, "", ext)) next;         #    tout jusqu au dernier point. S il n y a pas d extension,
                                                 #    on passe au fichier suivant.
      ddir = dest_dir "/" toupper(ext) "/" sdir; # Répertoire final.
      dest_sdir[ddir]++;                         # Le répertoire final est mémorisé dans le table dest_sdir
                                                 #   en tant qu index du tableau.
      copy[$0] = sprintf("%s/%s", ddir, file);   # Le chemin complet du fichier final est mémorisé
                                                 #   dans le tableau copy avec pour index le chemin du
                                                 #   fichier à copier.
   }
 
   # Tous les fichier ont été mémorisées.
   # Les commandes necessaires à la copie des fichier va être générée.
   # On commence par générer les commandes de création des répertoires de destination.
   # Les commandes de copie sont ensuite générées.
 
   END {
 
      print "\n# Création arborescence destination\n"
      for (ddir in dest_sdir)                   # Pour chaque index du tableau dest_sdir (= répertoire destination)
         print "mkdir -p " ddir;                # Génération commande de création du répertoire.
 
      print "\n# Copie des fichiers dans arborescence destination\n";
      for (file in copy)                        # Pour chaque index du fichier copy (= chemin fichier à copier)
         print "cp",file,copy[file];            #Génération de la commande de copie.
   }
'> ./copy_files.sh  
 
# Exécution du fichier généré
. ./copy_files.sh