Je ne connais pas MKS, mais à d'après ton post, il semble que ce soit un environnement de commande de type unix (comme cygwin) et les paramètres que tu mets dans le batch ne sont pas exécutés (ils le sont quand sh est fermé).
La seule solution est que sh permette de lancer des commandes lors de son démarrage en lisant un fichier texte (ce n'est probablement pas prévu d'ailleurs) du style :
sh -L toto.txt
A+