La facilité de relecture du programme serait diminué, car il faudrait non seulement lire le fichier qui comprend le programme, mais aussi ouvrir une à une les procédures stockées pour voir leur contenu.
Il n'est pas rare qu'un utilisateur demande d'où vient telle ou telle donnée. Pour la tracer, au lieu de faire une simple recherche sur le nom de cette donnée dans le programme, il faudrait la rechercher en ouvrant toutes les procédures stockées.
La morcélisation des programmes pose toujours des problèmes. Elle est inévitable lorsque les programmes deviennent très longs. Mais, il est souhaitable que le morcellement se fasse en modules quasiment autonomes, donc autour de fonctionalités logiques (c'est la base de la programmationn modulaire structurée (que l'on n'enseigne plus dans les écoles, quoique la programmation objet en soit assez proche)).