Oui tant que tu restes dans le même langage, tu risques moins d'avoir ce genre de problème mais attention, comme ce n'est pas dans la norme, ça reste incertain, d'une version à l'autre de PHP, par exemple, le résultat ne sera pas forcément garantis...
De plus à chaque "transcodage" (vers Mysql ou Javascript par exemple) tu auras le soucis, donc si l'ordre est important pour ton appli, ajoute le d'une façon ou d'une autre à ton JSON...
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D3