Heu oui c'est bien de séparer PHP et HTML, tu peux utiliser des moteurs de templates comme Smarty par ex
Maintenant, la mode est au MVC. Donc je te propose de lire le topic de FlorentG sur les MVC au moins pour comprendre, après libre à toi de coder ton propre moteur (long et fastidieux) ou d'en prendre un tout fait sur le net (par ex "php-mvc", je crois)
Mais bon, si tu veux seulement pouvoir maintenir ton site facilement, prends un CMS tout fait de type Joomla, il y a déjà pas mal de trucs intégrés dedans et des tas de modules que tu peux trouver sur le net et ajouter.
---------------
The Rom's, à votre service