Require et include concatène tes fichiers avant l'exécution donc ça ne va pas résoudre ton problème en effet.
Pour executer ton script en deux fois, tu peux recharger ta page en utilisant un header(location:url) et en passant des parametre à la page qui lui feront executer une partie puis une autre de ton script.
Cette méthode est utilisé pour palier à la limite (par défaut 30s) du temps d'exécution des scripts php. Si tu as accès à un ini_set() ou directement au php.ini tu peux modifier le paramètre directement.