J'ai effectivement déjà rencontré le problème suite à un déplacement brutal de fichier dans l'arborescence.
La solution que j'avais employée avait été de le remettre à son emplacement d'origine, de faire un commit, de le bouger via Eclipse (en l'ocurrence Apatana) et de refaire un commit.
Ceci-dit, un svn cleanup doit aussi pouvoir faire l'affaire si le problème vient bien de l'intégration de svn, ce dont je ne suis pas certain.
Au pire, une suppression du répertoire workspace et un nouveau checkout, certes un peu violents, devraient venir à bout de toute vélléité.
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