plusieurs choses :
1/ quand tu dis qu'il ouvre une nouvelle fenêtre de IE, qu'entends-tu par là ? il a fermé la précédente ?
2/ dans ce cas, qu'est-ce qu'il doit se passer normalement ? le fonctionnement normal des sessions, c'est que :
a) une session est attachée à chaque instance du même navigateur
b) une session est partagée entre toutes les fenêtre d'une même instance d'un navigateur
c) si une instance du navigateur est fermée, en ouvrir une nouvelle ne permet pas de récupérer la session précédente
ensuite, justement, pour ce qui est des instances, IE dispose d'un paramètre, qui modifie directement le comportement des instances d'IE. par défaut, si depuis une instance d'IE, j'ouvre un nouveau IE (window.open, taget != _self, shift + click sur un lien), alors la nouvelle fenêtre travaille dans la même instance (donc la même session). par contre, si je passe par l'icône de IE, il s'agit d'une nouvelle instance qui est démarrée, donc les sessions sont séparées.
mais ce paramètre (impossible de mettre la main dessus sous IE7, il a dû disparaître), il est possible d'indiquer que toutes les fenêtres de IE tournent dans le même processus (donc la même instance). l'intérêt du truc, c'est que ça bouffe 10000000000000000 fois moins de mémoire, par contre, si une fenêtre plante, c'est toutes les fenêtres qui se ferment avec. dans ce cas, même en passant par le bureau, tant qu'une fenêtre est ouverte, on conserve la même session.
attention : tant que la fenêtre de IE n'est pas fermée, même si on a quitté le site, la session reste récupérable en retournant sur le site.
voilà, j'espère que ça va pouvoir t'éclairer un peu.