En ascii 8 bits, windows et linux n'utilisent pas le même ordre des caractéres pour les codes >127. Les caractéres accentués sont supérieurs à 127. Ca pourait donc venir de là.
En passant par des pages web contenant des formulaires et en utilisant htmlentities() avant d'envoyer dans la base de donnée, ca évite ce probléme.
En encodant tout en UTF8 (par exemple) avant d'envoyer dans la base de donnée, ca corrige aussi ce probléme vu que l'UTF-8 a les caractéres dans un ordre précis.
Mais là, pour le moment, vu que je sais pas exactement ce que t'as utilisé pour envoiyer tes données dans la base ni quelles fonctions t'utilises en php pour travailler avec les données contenu dans la base de donnée, je ne peux pas te dire exactement ce que tu dois modifier pour éviter ça.