j'aimerais savoir un ptit truc, les script MySQL doivent être écrit dans une page au format sql ou php?

Moi je les mets directement dans le .php, parce que c'est simple.

pareil, php pour les requetes (select, update et compagnie), sql pour les creations de tables

Ca dépends comment tu le gères.
Moi, je l'ai ai mis dans un fichier .php car en fait, j'ai créé une fonction par requête ce qui me permet de les faires évoluer très facilement et d'obtenir des requêtes dynamiques (utile pour des chats, des forums, ... ) sans avoir plein de fichier partout.
 
Par contre, pour ce qui est des requête de création de table pour installer mon site sur un nouveau serveur ou de mise à jour des tables pour un changement de version, je les mets dans un fichier .sql qui sera soit lu par un programme .php, soit exécuté par une personne.