Il me semble qu'en utilistant ce code pour l'écriture dans un fichier xml, la sortie est en double?
Cela ce produit en utilisant le mode d'ouverture a ou a+. Pourquoi.
 
<?php function ajouter(){
 
$ajouter = $_POST['coursAut'];  
$xml_filename = 'cours.xml';
$xsl_filename = 'ajouter.xslt';

$doc = new DOMDocument();
$proc = new XSLTProcessor();      

$xsl = new DOMDocument();
$xsl -> load($xsl_filename);
$proc -> importStyleSheet($xsl);

$doc -> load($xml_filename);
$proc -> setParameter('', 'sigle', $ajouter);

$cours = $proc->transformToXML($doc);

$file_var = fopen("cours_Automne_2012.xml", "a" );
  fwrite( $file_var, $cours);
 
fclose($file_var);
}

Bah c qu'il y a une coui**e dans ton code. Commence par voir le contenu de tes variables aux différentes étapes de ton code ($doc, $cours, ...) pour trouver la cause.

a ou a+, c'est pour append. Si le fichier existe déjà, le contenu est ajouté à la fin du fichier. Donc si t'exécutes 2 fois le script, t'aura 2 fois le contenu.. Ton pb vient peut-être de là?