Penche toi vers des frameworks qui ont déjà mis en place une infrastructure MVC. Il n'est pas utile de réinventer la roue (surtout sur un sujet aussi large que ça)
Personnellement j'utilise Zend Framework, mais d'autres utilisateurs pourront t'orienter vers d'autres frameworks qui ont leur préférence : symfony, cakephp, etc, etc.
Ce que j'aime avec Z.F c'est la liberté de piocher dans la bibliothèque de classes et de n'utiliser que ce dont on a besoin...