On peut accéder à Excel via l'automation, mais il n'est pas facile de trouver de la documentation, il peut y avoir des différences selon les versions d'Excel, et il y a beaucoup de problèmes d'après mon expérience de traitements Word (par exemple, j'avais des fuites mémoires qui bloquaient le traitement au bout d'un certain temps).
Je conseillerais donc de transférer ces données dans un fichier texte sur le serveur, lisible avec les fonctions de traitement des fichiers de PHP, ou mieux, de transférer ces données dans une base MySQL. Vous en avez déjà une, c'est parfait. Le sujet est trop vaste pour être expliqué ici en deux lignes. Mais vous trouverez sans difficulté de nombreux tutoriaux vous expliquant comment faire, et vous y arriverez avec du travail et de la persévérance.